トラックの表示

ファイルを開く

D4を開くはトラックとアノテーションを置き換え、D4を追加はトラックを追加します。どちらも複数ファイルに対応し、各D4内の全トラックを読み込みます。無効なファイルや読み込みの中止では現在の表示を維持します。

トラック間で染色体の集合が異なっても構いません。同じ染色体が複数にある場合は長さが一致する必要があります。D4のメタデータから参照アセンブリは確認できないため、比較前に由来を確認してください。フィルタリングと正規化の条件も確認します。D4 Plotは自動正規化しません。

シグナルを読む

表示値はビン平均です。広い領域では1ビンに多くの塩基が入るため、拡大するとピークの高さや幅が変わって見えることがあります。

高さの比較にはY軸を共有、形の比較にはトラックごとの自動スケールを使います。領域間の比較には固定Y軸を使います。

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領域と移動

領域欄にはchr1:100-200、chr1:100、chr1を入力できます。座標は1始まり・両端を含みます。

トラックを縦にスクロールするには、プロットの余白でホイールを使うか、ネイティブのスクロールバーを使います。

トラック一覧で表示・非表示、並べ替え、表示からの削除ができます。ファイル自体は削除されません。高さは行の高さを変更し、サイドバーを隠すとプロット領域が広がります。設定ではビン数、Y軸、基準線、色、アノテーション上限、ツールバーラベルを変更できます。

他の形式のトラックはIGVとの連携を参照してください。