アノテーションとエクスポート

アノテーション

染色体・領域・移動と同じ行の先頭にある公開ゲノムで、hg38/GRCh38、hg19/GRCh37、hs1/T2T-CHM13、mm39/GRCm39、mm10/GRCm38、rn7（ラット）、danRer11（ゼブラフィッシュ）、dm6（ショウジョウバエ）、ce11（線虫）、sacCer3（酵母）の公開遺伝子を選べます。ツールバーのアノテーションを押すと、ローカルの GFF3、GTF、BED を直接開けます。両者は別の段に同時表示できます。公開遺伝子には転写産物とエクソンを表示します。設定 → 公開遺伝子の取得元で、UCSC（初期値）と Ensembl を切り替えられます。UCSC は hg38・hg19・mm39・mm10 に knownGene、ほかのプリセットに ncbiRefSeq を使います。Ensembl は独自の遺伝子モデルを使い、hg19 は GRCh37 専用 API から取得します。このアプリで Ensembl に対応するのは hg38・hg19・mm39 で、ほかのプリセットでは案内を表示します。デスクトップ表示と SVG の公開注釈見出しに取得元を表示します。インターネット接続が必要で、領域を移動するたびに再取得します。取得に失敗した場合も、ローカル注釈は表示したままです。

公開ゲノムの初期値は「なし」です。D4 を開くと両方の注釈選択が解除され、D4 を追加では保持されます。D4 からアセンブリは判定できないため、一致する公開ゲノムを選んでください。公開遺伝子では 1 と chr1 などの一般的な名前を対応付けます。ローカルファイルの染色体名は従来どおり完全一致が必要です。GFF3/GTF では gene、transcript、mRNA、exon を表示します。

通常ファイルとgzipファイルは32 MiB・解析済み10万featureまでメモリに読み込めます。大きいファイルはbgzipで圧縮し、tabixの.tbiまたは.csiを付けてください。インデックス付き.gzはHTSlib経由で検索します。

ビンを書き出す

表示中のトラックを選び、ビンを書き出すを押します。bedGraphには現在の表示ビンの平均が入ります。塩基ごとの元データではありません。解像度を変える場合は、先に領域とビン数を変更してください。

bedGraphは0始まり・終点を含まない区間で、画面は1始まり・両端を含む座標です。コメントには元ファイルのパスとトラック名が入るため、共有前に確認してください。入力D4や現在のアノテーションへの上書きはできません。

SVGを保存する

ファイル → プロットをSVG画像として保存で、スクロール外を含む表示中の全トラックとアノテーションを保存します。.svgを省略すると自動で追加します。