IGVとの連携

目的 操作
現在の領域をIGV Desktopへ送る IGV → IGV Desktopで領域を表示
D4とBAM/CRAM、VCF、BED、GTF、BigWigを一緒に表示 IGV → ゲノムブラウザ (IGV.js) を開く…
D4トラックをIGV Desktop用に書き出す ファイル → 選択したトラック全体を BigWig に書き出す…
デスクトップ画面なしでブラウザ版を使う d4-plot serveまたはd4-plot-server

IGV Desktop

  1. IGV Desktopを起動し、D4と同じ参照アセンブリを選びます。
  2. D4 Plotで領域を表示します。
  3. IGV → IGV Desktopで領域を表示を選びます。

D4 Plotは127.0.0.1:60151へ領域だけを送ります。IGV Desktopの起動、アセンブリ変更、トラック追加は行いません。D4のメタデータではアセンブリを確認できないため、両方のアプリで確認してください。

シグナル自体をIGV Desktopで見るには、トラックを選択して ファイル → 選択したトラック全体を BigWig に書き出す… を使い、生成された.bwをIGVで読み込みます。画面上のビンではなく、D4の全染色体・間引く前のシグナルを分母適用後の値で書き出します。BigWigの値はFloat32なので、変換時に精度が落ちることがあります。D4 Plotが直接BigWigを書き出すため、外部の変換コマンドは不要です。出力ファイルと一時的な索引ファイルのための空き容量を確保してください。生成されたBigWigの広域表示には縮尺別の集計値が使われます。

IGV.jsブラウザ

IGV → ゲノムブラウザ (IGV.js) を開く…を選びます。D4がなくても起動できます。参照配列を選び、D4 tracksでトラックを選択してApply selectionを押します。最初の12トラックは自動選択されます。すべて外すこともできます。

Add trackでローカルファイルまたはURLを追加します。形式に必要なインデックスも指定してください。形式を判定できない場合はFormatまたはTrack typeを指定します。追加したローカルファイルは、参照・D4選択の変更やページ再読み込み後に再選択が必要です。URLにはブラウザからアクセスできる必要があり、別オリジンにはCORS、インデックス付きデータにはHTTP Rangeが必要です。

参照配列 動作
Contigs only D4がある場合の初期値。染色体名と長さのみで、塩基配列や検証済みアセンブリはありません。
hg38、hg19、hs1、mm39、mm10、rn7、danRer11、dm6、ce11、sacCer3 公開プリセット。ブラウザがUCSCから参照を取得し、閲覧した参照と概略領域が伝わる可能性があります。
ローカルFASTA/FAIまたはIGV genome JSON サーバーCLIで指定し、参照へのアクセスをローカルに限定できます。

D4がない場合はhg38で始まります。公開プリセットではhg38、hg19、mm39、mm10にGENCODE、hs1と追加した5種にNCBI RefSeqの遺伝子トラックを追加します。Contigs onlyとローカル参照では追加しません。追加トラックのアセンブリと染色体名は参照に合わせてください。CRAMには塩基配列が必要です。

D4は1要求につき最大1024ビンです。利用できるsum indexがあればビン平均は正確です。ない場合の広域表示は標本平均になり、狭いピークを見落とすことがあります。拡大するかsum indexを追加してください。

サーバーは127.0.0.1だけで待ち受けます。URLにはセッショントークンがあるため公開しないでください。ブラウザのView locus in IGV Desktopは、検証済みの染色体辞書を持つ参照と単一領域がある場合に使えます。送信するのは領域だけです。

困ったときは

症状 確認すること
IGV Desktopへ送れない 起動中で、127.0.0.1:60151の外部制御を受け付けているか。
D4が表示されない D4 tracksの選択、参照との染色体名・長さの一致。
追加トラックが表示されない 形式、インデックス、アセンブリ。URLではCORS/HTTP Rangeも確認。
公開プリセットが読み込めない ネットワーク接続。必要ならローカルFASTA/FAIを使用。
古いブラウザタブが使えない D4 Plotから開き直します。