D4ファイルの作成

D4を作成を選び、次を指定します。

  • BAI/CSI付きの座標ソート済みBAM、またはCRAI付きのCRAM
  • CRAMの場合は対応するFASTAと.fai
  • .d4で終わる新しい出力先

比較するトラックやアノテーションと同じ参照アセンブリを使ってください。変換ではアセンブリの不一致を修正できません。

Windows macOS Linux
D4作成画面 (Windows) D4作成画面 (macOS) D4作成画面 (Linux)

画像のBAMは生成した例です。実際の作業にはインデックス付きファイルを指定してください。

カバレッジモード

モード 計数範囲
標準 アライン済み塩基。CIGARギャップを除き、重複するmateは1回数えます。
高速 ギャップを含むリード全体。重複するmateは2回数えます。
フラグメント insertを含むproper pairのテンプレート区間。

設定

基本設定でファイルとモードを選びます。詳細設定では次を指定できます。

  • 最小MAPQ
  • SAMの包含・除外フラグ（初期値の0x704ではunmapped、secondary、QC-failed、duplicateを除外。supplementaryは除外しません）
  • リードグループとテンプレート長の絶対値範囲
  • BAM/CRAM展開スレッド数（初期値2）

D4を作成で変換を始めます。処理中もビューアは使えます。完了後にビューに追加を押すと表示できます。押さなくてもファイルは保存されます。

D4 Plotはsecondary-frameとsumのインデックスを作り、ファイルを検証してから公開します。既存ファイルは上書きしません。公開前の中止や失敗では一時結果を削除します。