まずここから

ファイルを用意する

D4ファイルを使うか、インデックス付きの座標ソート済みBAM/CRAMから作成します。CRAMには対応するFASTAと.faiも必要です。詳しくはD4ファイルの作成を参照してください。

ファイルを比較する前に参照アセンブリと処理条件を確認してください。D4にはアセンブリ識別子がありません。

開いて確認する

1. GitHub Releasesからパッケージをインストールします。
2. D4を開くでファイルを選びます。BAM/CRAMを変換する場合はD4を作成を選び、完了後にビューに追加を押します。
3. chr1:100000-200000のような領域を入力して移動を押します。chr1だけなら染色体全体を表示します。
4. タイトルまたは一覧からトラックを選びます。高さを比較するときはY軸を共有を有効にします。
5. シグナルにポインタを置いてビン平均を確認します。狭いピークは拡大してください。

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画像にはspec/fixtures/rust-multitrack.d4を使用しています。Y軸はトラックごとに設定しています。

移動と出力

戻る、進む、拡大縮小、全染色体を使います。ドラッグで移動、Shift+ドラッグまたは右ドラッグで範囲選択します。プロットにフォーカスがあるときは左右キーで移動、+/-で拡大縮小、Homeで全染色体、Escで読み込みやドラッグを中止できます。

• D4を追加: トラックを追加
• アノテーション: ローカルの GFF3、GTF、BED を開く。公開遺伝子は移動行の先頭にある公開ゲノムで選択
• ビンを書き出す: 選択トラックのビン平均をbedGraphに保存
• プロットをSVG画像として保存: スクロール外を含む表示中のトラックとアノテーションを保存

尺度と移動方法はトラックの表示、形式と座標はアノテーションとエクスポートを参照してください。

表示がおかしいとき