はじめに

D4 PlotはD4形式のゲノムシグナルを表示します。複数トラックの比較、GFF3/GTF/BEDアノテーション、bedGraph・SVG出力、BAM/CRAMからのカバレッジD4作成に対応します。

操作はまずここからを参照してください。

プロットの読み方

表示値はD4の倍率を反映したビン内の平均です。広いビンは局所的な変動を隠すため、狭いピークは拡大して確認してください。

比較前に参照アセンブリ、染色体名、データ処理条件を確認してください。D4ファイルには作成元のアセンブリ識別子がありません。高さを比較するときはY軸を共有を使います。

画面の座標は1始まり・両端を含む形式です。chr1:100-200は101塩基です。bedGraphの区間は0始まり・終点を含まない形式です。